La direction des services à la population :
Elle regroupe les services qui travaillent quotidiennement aux côtés des habitants. Elle gère notamment les deux centres techniques communautaires ainsi que les déchetteries.

La direction des projets et du développement urbain :
Elle associe les services qui agissent en matière d'aménagement, d'urbanisme, de logement et pilote également la gestion du GPRU.

La direction de l'économie et du développement territorial :
Elle assure également la gestion du développement universitaire, des politiques de valorisation du patrimoine, de développement touristique et culturel, la mission contrats et territoire, le développement territorial, la politique de la ville et l'insertion.

La direction des services fonctionnels :
Elle comprend tous les services nécessaires à la bonne marche administrative de la Communauté, notamment les finances, les ressources humaines et l'informatique.